移动硬盘绝大多数是USB接口的，但是由于USB接口功能能力有限，所以移动硬盘使用的2.5\'硬盘实际上同笔记本上使用的硬盘是不一样的。笔记本要求硬盘快速启动，所以笔记本硬盘的启动电流大一些，约900mA左右. 移动硬盘使用的盘片启动时间略长，起动电流小一些，一般700mA左右。所以如果自己组装移动硬盘，还是需要找专门的移动硬盘版的盘芯。
3.5寸的硬盘盒使用台式电脑硬盘，体积较大，便携性相对较差。3.5寸的硬盘盒内一般都自带外置电源和散热风扇。
移动硬盘大多采用USB、IEEE1394、eSATA接口，能提供较高的数据传输速度。不过移动硬盘的数据传输速度还一定程度上受到接口速度的限制，尤其在USB1.1接口规范的产品上，在传输较大数据量时，将考验用户的耐心。而USB2.0、IEEE1394、eSATA移动硬盘接口就相对好很多。USB2.0接口传输速率是60MB/s，USB3.0接口传输速率是625MB/s
IEEE1394接口传输速率是50~100MB/s。
在与主机交换数据时，读个GB数量级的大型文件只需几分钟，特别适合视频与音频数据的存储和交换。
主流的PC基本都配备了USB功能主板通常可以提供2～8个USB口一些显示器也会提供了USB转接器，USB接口已成为个人电脑中的必备接口。USB设备在大多数版本的WINDOWS操作系统中，都可以不需要安装驱动程序（windows 98需要），具有真正的“即插即用”特性，使用起来灵活方便。但大容量硬盘160G以上(所以笔记本一般160G很高了）由于转速高达7200转（笔记本多在5400转以下）.所以需要外接电源（USB供电不足).在一定程度上限制了硬盘的便携性（有些笔记本提供加强供电设计，一个USB口可提供多达1A的电流）。
数据安全一直是移动存储用户最为关心的问题，也是人们衡量该类产品性能好坏的一个重要标准。移动硬盘以高速、大容量、轻巧便捷等优点赢得许多用户的青睐，而更大的优点还在于其存储数据的安全可靠性。这类硬盘与笔记本电脑硬盘的结构类似，多采用硅氧盘片。这是一种比铝、磁更为坚固耐用的盘片材质，并且具有更大的存储量和更好的可靠性，提高了数据的完整性。
采用以硅氧为材料的磁盘驱动器，以更加平滑的盘面为特征，有效地降低了盘片可能影响数据可靠性和完整性的不规则盘面的数量，更高的盘面硬度使USB硬盘具有很高的可靠性。另外还具有防震功能，在剧烈震动时盘片自动停转并将磁头复位到安全区。防止盘片损坏。